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公爵

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一、下载安装 Anaconda

1、下载地址:Anaconda

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推荐下载 python3 版本。

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2、安装 Anaconda

按照安装程序提示一步步安装就好了, 安装完成之后会多几个应用:

  • Anaconda Navigtor :用于管理工具包和环境的图形用户界面,后续涉及的众多管理命令也可以在 Navigator 中手工实现。
  • Jupyter notebook :基于 web 的交互式计算环境,可以编辑易于人们阅读的文档,用于展示数据分析的过程。
  • qtconsole :一个可执行 IPython 的仿终端图形界面程序,相比 Python Shell 界面,qtconsole 可以直接显示代码生成的图形,实现多行代码输入执行,以及内置许多有用的功能和函数。
  • spyder :一个使用 Python 语言、跨平台的、科学运算集成开发环境。

二、配置环境变量

如果是 windows 的话需要去 控制面板\系统和安全\系统\高级系统设置\环境变量\用户变量\PATH 中添加 anaconda 的安装目录的 Scripts 文件夹,比如我的路径是D:\developer_tools\python3\Anaconda3\Scripts,看个人安装路径不同需要自己调整。

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之后就可以打开命令行(最好用管理员模式打开) 输入 conda --version

如果输出conda 4.8.2之类的就说明环境变量设置成功了。

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为了避免可能发生的错误,我们在命令行输入conda upgrade --all 先把所有工具包进行升级。

三、管理虚拟环境

接下来我们就可以用 Anaconda 来创建我们一个个独立的 Python 环境了。接下来的例子都是在命令行操作的,请打开你的命令行吧。

1. activate

activate 能将我们引入 anaconda 设定的虚拟环境中,如果你后面什么参数都不加那么会进入 anaconda 自带的 base 环境。

你可以输入 python 试试,这样会进入 base 环境的 python 解释器,如果你把原来环境中 python 环境去除掉会更能体会到, 这个时候在命令行中使用的已经不是你原来的 python 而是 base 环境下的 python。而命令行前面也会多一个(base) 说明当前我们处于的是 base 环境下。

image-20200528120615920

2. 与 pycharm 连接

在工作环境中我们会集成开发环境去编码,这里推荐 JB 公司的 pycharm,而 pycharm 也能很方便的和 anaconda 的虚拟环境结合。

Setting => Project => Project Interpreter 里面修改 Project Interpreter , 点击齿轮标志再点击 Add Local 为你某个环境的 python.exe 解释器就行了。

四、使用 Jupyter notebook

方便检查数据

官网:https://jupyter.org/

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启动 Jupyter notebook

image-20200531180130207

然后会看到下面:

image-20200531180154403

自动跳转打开 127.0.0.1:8888/

image-20200531180526658

新建 Python3 进行代码编写:

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然后跳转至下面页面:

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加速使用 Jupyter notebook

五、添加清华镜像至Anaconda仓库

运行以下命令,将清华镜像添加至Anaconda仓库中

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

conda config --set show_channel_urls yes

Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统,用于安装多个版本的软件包及其依赖关系,并在它们之间轻松切换。

Conda Forge

conda-forge是可以安装软件包的附加渠道,为了建立和维护软件包而发起的。

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

msys2

MSYS2 (Minimal SYStem 2) 是一个MSYS的独立改写版本,主要用于 shell 命令行开发环境。

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/

bioconda

BioConda是Conda专门为生信开的一条通道,里面有非常多的软件,可以直接安装。Bioconda的优点是安装简单,各个软件依赖的环境一同打包且相互隔离,非常适合在服务器中建立自己的生物信息分析环境。后期更新,生信是重点!

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

menpo

menpo是python的一个程序包,使图片和网格数据的输入、处理、可视化尽可能的简单,适合处理带标注的数据。

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/menpo/

pytorch

PyTorch是一个开源的Python机器学习库,基于Torch,用于自然语言处理等应用程序。

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/pytorch/
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